小肚子疼的原因一般有以下几个原因包括：第一、消化系统疾病：如结肠炎、溃疡性结肠炎、肠梗阻甚至是结肠肿瘤等这时候就需要做一个电子结肠镜来确诊；第二、对于女性来说就是妇科疾病包括盆腔炎、子宫内膜炎、附件炎、输卵管卵巢炎等这时候需要做一个白带常规检查和腹部B超等确诊病因；第三就是泌尿系统方面的包括前列腺炎、输尿管结石、尿道炎等这时候需要做一个尿常规和腹部B超等确诊病因。