三个月宝宝耳朵里有黄油耳屎，可能是发生了耳道炎或者说是中耳炎，建议用双氧水清洗耳道，或者说是用棉签沾取碘酒进行对耳朵的一个消毒处理。也有可能是宝宝外耳道耵聍分泌过多而导致的，建议要及时清理。养成良好的饮食习惯，不吃刺激辛辣油腻的食物，多补充一些母乳。可以用棉签小心的清理出来，要谨慎操作，最好不要进入宝宝的内耳，避免对宝宝内耳造成一定的损伤。