通常来说，治疗牙周病，医生需要先对牙周组织的状况及破坏程度作一番了解与评估，一般是借由全口牙根尖X光片及牙周囊袋深度测量来达成。当评估完后，结合患者自身的诉求才能拟定牙周病的治疗计划。针对牙周病的治疗分三期：1.治疗初期：将口腔内所有脏东西尽量祛除，这其中也包括病人自身的口腔卫生清洁配合，以及刷牙、牙线等清洁工具的正确使用。然后进行超音波洗牙，牙周囊袋深部结石的刮除及牙根整平术，祛除不良膺复物、咬合干扰等。

　　2.手术期：在比较严重的患部，尤其牙周囊袋较深之处，需做牙周翻瓣术，才能彻底将结石及病变组织清除。牙周手术是一种局部而又安全的手术，在牙科门诊就可以进行。局部麻醉下，将牙龈稍微翻开，牙周深部的结石、肉牙组织彻底清除，若有骨损失，可配合放置牙周再生膜及人工骨粉使破坏的骨组织再生，达到积极重建牙周组织的目的。

　　3.维持期：经历上述的治疗，通常需要花三个月至半年的时间。除此之外，维持治疗成果也是极其重要的。除了要进行日常的口腔清洁外，还应根据医师指示，定期回诊检查，以充分掌握牙周及口腔的恢复情况，即使遇到问题也可以即使治疗。