巧克力囊肿穿刺手术多是用于，有手术禁忌症的患者，或有生育要求巧克力囊肿手术之后再复发的患者，因为巧克力囊肿手术对患者的卵巢功能影响比较大，所以如果有生育要求，一次手术之后再复发的患者不建议做手术，因为再次手术容易对卵巢造成更大的破坏，并容易导致盆腔粘连。巧克力囊肿穿刺手术主要是在彩超引导下，使用穿刺针经阴道后穹窿刺入巧克力囊肿内将液体吸出来。手术风险并不是很大，但是手术之后巧克力容易复发，而且容易造成巧克力囊肿在穿刺部位种植导致内异症的发生。