在骨质疏松的诊断中，CT扫描可以显示疏松椎体中央或整个区域松质骨密度减低，有时椎体松质骨骨小梁也可呈粗点状，蜂窝状或不规则小片状低密度改变，骨皮质可见普遍变薄，而增生的骨赘显示为高密度突起。另外三维CT还可以从多个角度查看骨质疏松所致的椎体压缩变形，椎体的退行性变，以及伴有的变形椎体邻近椎间盘的膨出或突出。另外可以应用定量CT来测量骨密度，提高了骨密度测量的敏感性和准确性。