肛瘘的病因有：1、细菌感染：由于肛管直肠部位是"排污"的重要通道，细菌非常容易侵入肛隐窝、肛门腺导管和肛门腺体，造成感染发病，逐渐形成脓肿，破溃而为肛瘘。2、肛周脓肿：由于粪便滞留肛隐窝，引起肛腺炎，导致肛周脓肿，肛周脓肿破溃后，脓液排出，脓腔逐渐缩小，外部破溃口和切口也缩小，腔壁形成结缔组织增生的坚硬管道壁，即成瘘管。3、结核杆菌、放线菌感染形成脓肿，克隆氏病等难以自愈而形成特殊性肛瘘。4、直肠肛门损伤、外伤：来自消化道的骨性异物、金属、肛表及肛门窥器检查损伤肛管直肠，细菌侵入伤口即可引起肛周脓肿，不及时治疗，都可导致肛瘘。