蛋白丧失胃肠综合征主要还是由于引起胃肠道粘膜上皮异常，淋巴管异常或者毛细血管通透性增加的疾病所造成的，因此治疗上首先应当针对原发疾病进行治疗，比如说如果存在肠道细菌感染，应当根据具体的病原体选择敏感的抗菌药物；如果是肠道恶性肿瘤造成的，首选手术切除，必要时还可以考虑给予化疗；如果是充血性心力衰竭所造成的，还应给予强心、利尿、扩血管；对于一些免疫变态反应疾病，可以选用免疫抑制剂或者类固醇激素。适当输入人血白蛋白，合理应用利尿剂也可以明显改善症状。