引起食管炎的病因很多，还需要针对病因治疗。最常见的是胃食管反流引起的，因此可以口服质子泵抑制剂、黏膜保护剂、促胃动力学或者制酸剂等治疗，常用药物有埃索美拉唑、铝碳酸镁、多潘立酮、氢氧化铝凝胶等。合并幽门螺旋杆菌感染时，还需要联合胶体铋剂和抗生素治疗。如果存在真菌或者细菌感染，还需要应用抗生素或者抗真菌药物治疗，如伊曲康唑和阿莫西林等。