对于鳃裂囊肿手术，皮肤切口应大于囊肿的横径，剥离暴露囊肿后，如囊肿过大，可抽出部分囊液再行剥离，同时应注意保护颈内外、动脉、颈内静脉、迷走神经和舌下神经，对于感染或复发的囊肿，因常与颈鞘粘连，为防止复发在不影响功能的前提下，可切除部分颈鞘组织，囊壁破碎或与周围组织粘连较紧不能完全切除时，残留部分必须用刮匙刮除，然后用石炭酸或电刀烧灼，有内口时须切除内口和部分粘膜并做荷包缝合。