由于多种肠道病毒都可以引起手足口病，每种病毒之间没有交叉免疫。也就是说，感染一种病毒后，如果再感染其他型病毒会再次患上手足口病。但引起重症病例多是EV71病毒感染，所以目前投放市场的手足口病疫苗只是预防EV71型，共注射两次。即使2剂次都接种，也只能预防EV71型病毒感染，如果再感染其他病毒，仍会患上手足口病。但其他病毒感染症状多为普通型，预后都较好。