近视眼手术后遗症有角膜瓣偏离中心，角膜瓣对位不良，角膜瓣皱褶，角膜瓣层间上皮残留，角膜刀切穿角膜，手术后看东西时眩光，眩目，手术后视力不恢复欠矫或过矫，需要二次手术的，角膜敏感性下降，疼痛，干眼症，手术后的不规则散光，角膜周边变性或瘢痕形成，角膜感染，角膜炎或角膜溃疡，术后角膜瓣的裂开以及所引起的并发症及术后的圆锥角膜。