诊断主要是通过血培养的阳性，一般临床上和伴随着发热，心脏有杂音，贫血，血尿，脾大白细胞增高，伴有或者不伴有栓塞症状，可诊断为感染性心内膜炎，超声心电图检查一般可以看出一半以上的赘生物的部位，数量，大小，还有形态，也可以作为进一步的诊断标准。原有心脏病者，在发病前一周多考虑为亚急性的感染性心内膜炎，临床表现涉及多个脏器，又缺乏特异性，所以一般是通过血培养检查，是诊断菌血症和感染性心内膜炎最重要的方法