首先假膜性肠炎很多情况下是使用抗生素不合理造成的，所以一旦确诊为小儿假膜性肠炎，停用抗生素是非常必要的一个手段;对于一部分的病因较重或者是停用原来的抗生素以后48小时发现病情仍然没有好转，这个时候可以改用其他的抗生素治疗。选择抗生素时一定要注意选择一些在肠道不容易吸收而且不容易诱发梭状芽孢杆菌肠炎的抗生素。用的时候要注意剂量第一个要大，第二个疗程要长，才能达到预防复发的目的。同时还有一些药物要禁用，比如抗肠蠕动的药物，这个药是不能乱用的，因为有可能会诱发中毒性巨结肠，另外也可以选择一些口服药，比如考来烯胺也叫消胆胺，口服消胆胺的目的就是在肠内发挥离子交换的作用，能吸附肠腔中梭状芽胞杆菌它产生的毒素，患儿在口服万古霉素的同时也可以加入消胆胺，可以每天两次口服，因为它也能吸附这个万古霉素，因此两种药应该隔三个小时以后左右在进行服用。另外其他治疗方面包括纠正脱水性酸中毒，输血，输人白蛋白以及肾上腺素等等。