由于卵巢囊肿的类型不同，所以对怀孕的影响有所差异，如果是单纯的生理性黄体囊肿，一般在月经干净以后，囊肿会自然消失不见，所以不会影响怀孕，而炎症刺激导致引起的炎性囊肿，通常在使用消炎药治疗以后，囊肿也会消失，所以也不会影响怀孕，但是如果是由于子宫内膜异位到卵巢上形成的卵巢巧克力囊肿，通常就可能会导致影响怀孕，而且一般患有巧克力囊肿的女性有40%左右可能会导致不孕。