骶管囊肿手术目前以显微镜下切除囊肿壁、严密缝合囊肿与蛛网膜下腔通道为主要治疗策略。手术多在显微镜下进行，仔细轻柔地剥离囊肿壁与神经根的粘连，很少会造成瘫痪。但如果为复发性骶管囊肿，特别是以前曾采取骶管内囊肿抽吸注入药物或生物蛋白胶等方法或其他手术治疗，造成解剖结构紊乱、神经根与瘢痕广泛粘连者，则手术有导致肢体无力乃至瘫痪的可能性。