肛瘘的症状有许多，最常见的症状是周期性发作的肛瘘外口流脓液，一般脓液都比较少。第二个症状是肿痛，一般肛瘘在不发作的时候是不疼的，当脓液积极的肉馆内的时候，往往疼痛比较明显，当瘘口破溃脓液流出后疼痛缓解。第三是大部分患者在肛周都可以触及到条索状的硬结。第四，常见的是肛门瘙痒，因为反复有脓液流出，刺激肛周皮肤形成肛周湿疹，引起皮肤搔痒。