结缔组织疾患累及肠道从而造成肠炎。其主要病因多是由于系统性红斑狼疮，硬皮病，结节性多动脉炎，类风湿性关节炎等造成。其中硬皮病最为突出，患者在临床上可有腹部不适，腹胀，食欲减退，食后腹鸣，恶心，呕吐，以及间断性的腹泻，便秘交替出现等肠道功能失调表现。系统性红斑狼疮常见的胃肠道症状包括，食欲不振，腹痛，恶心呕吐，或者有黑便，肠梗阻等。结节性多动脉炎，可累积肠道的任何部位，但是主要侵犯肠系膜中小动脉，及粘膜下层，和粘膜小动脉。类风湿性关节炎，可出现小肠吸收不良，脂肪泻和选择性乳糖耐受不良，还可伴有胃肠道蛋白质丢失。