咳嗽艾灸主要选择肺俞、大椎、风门、天突等主穴，并根据患者兼证增加其他穴位。其中肺俞为肺的背俞穴，对肺部疾患均有治疗疗效，大椎、风门对外感咳嗽效果较好，天突则能够快速缓解咳嗽不适症状。此外根据患者咳嗽性质和伴随症状，可以酌情增加穴位，如咳痰伴咳痰可以增加脾俞、丰隆，伴有喘息气短乏力可以增加太渊、阳陵泉等穴位。