概括说来，唇腭裂的病因可分为遗传因素及环境因素两个方面。唇腭裂为常染色体隐性多基因遗传病，20-30%的患者具有阳性的遗传因素，即使已经通过手术修复了，但是基因无法改变。父为患者，后代发生率3%，母为患者，后代发生率为14%，约以父亲和母亲的前后三代为限。此外，预防唇腭裂，孕妇在怀孕期间还需注意营养、遗传、感染、内分泌等因素。