不会消失，因为巧克力囊肿实际是子宫内膜异位症，异位到卵巢，使卵巢内有周期性的子宫内膜的变化，受体内激素影响经过增殖期，分泌期，激素撤退后使子宫内膜脱落出血，出血从卵巢内无法排出形成了巧克力的颜色，所以称为巧克力囊肿，一般月经来时腹痛并呈进行性加重，怀孕时子宫内膜无周期的变化，所以卵巢内子宫内膜也不会有周期性的变化，但是不会消失，建议手术治疗。