肛门镜检查时患者有一定的疼痛感，患者可以选择进行局部麻醉下减少创伤，具体的检查方法：将肛门镜的末端、镜身和芯子头部涂足够的润滑剂，术者右手持肛门镜，拇指顶住芯子，左手拇指将臀部向外拉开显露肛门，先用芯子按摩肛缘，并令患者张口呼吸使肛门括约肌松弛。镜的先端指向脐孔缓慢插入，通过肛管后，镜的先端指向骶凹将镜插入直肠，拔出芯子，并注意芯子有无黏液及血迹。照入灯光仔细观察直肠粘膜一周的色泽及有无肿瘤、息肉、溃疡、内痔及异物等。边退镜边观察，以防漏诊。