贲门癌的预后与疾病的早晚及治疗是否得当有密切关系，低分化腺癌预后较管状腺癌差，较粘液腺癌好。早期治疗5年生存期可达80%-90%，晚期5年生存率仅有10%-20%，肿瘤的大小与浸润深度也影响预后，病变局限于粘膜层及粘膜下层者5年生存期可达90%，侵犯肌层仅有70%，侵及浆膜为20%左右，而侵及邻近器官仅有5%左右。