消化不良腹泻的时候要根据患者的病情进行病因治疗和对症治疗，这两者都很重要。在未明确病因之前，要慎重使用止痛药及止泻药，以免掩盖症状造成误诊，延误病情。药物治疗方面可做如下选择（1）一般治疗纠正水、电解质、酸碱平衡紊乱和营养失衡。酌情补充液体，补充维生素、氨基酸、脂肪乳剂等营养物质。（2）黏膜保护剂双八面体蒙脱石、硫糖铝等。（3）微生态制剂如双歧杆菌可以调节肠道菌群。（4）止泻剂根据具体情况选用相应止泻剂。（5）其他654-2、溴丙胺太林、阿托品等具解痉作用，但青光眼、前列腺肥大者、严重炎症性肠病患者慎用。