眼衣原体对四环素类、大环内酯类和氟醌类敏感。可以使用局部滴0.1平或氧氟沙星滴眼液，晚上可以使用四环素软膏或红霉素软膏。急性或严重沙眼应该用抗生素治疗，多西环素或红霉素可以口服。它可用于眼部并发症，如化脓性淋巴结炎和由严重内翻睫引起的象皮病、性病性淋巴肉芽肿等。随着疾病的急性发作，卵泡位于下穹窿和下眼睑结膜，没有角膜翳，并且可以在几个月到一年内自行愈合，没有疤痕形成。