肝囊肿的最佳治疗方法还需要根据肝囊肿的类型，是否引起临床症状和肝功能损伤程度来最终决定。大部分肝囊肿是先天性肝囊肿，直径较小，没有临床症状，也不会引起肝功能的异常，这种情况下主要是定期彩超随访观察。对于巨大肝囊肿产生压迫症状的，首选腹腔镜下肝囊肿开窗引流术。而对于寄生虫性的肝囊肿如肝包虫病，在进行口服阿苯达唑的同时，还有积极进行手术治疗，包括内囊摘除，肝段或者部分肝叶切除术等。对于染色体异常所造成的多发性肝囊肿，如果较大的肝囊肿产生压迫症状，可以考虑腹腔镜下肝囊肿开窗引流，如果病变比较局限，还可以考虑肝脏或局限性的肝叶切除。如果晚期造成门静脉高压，肝功能衰竭，还需要考虑进行肝移植术