肝内胆管结石可以引起反复发作的胆管炎。临床上主要表现为上腹部疼痛，高热寒战，体温可以达到39-40度。严重的患者可以出现急性梗阻性化脓性胆管炎或感染性休克，出现面色苍白，肢端湿冷，脉搏细数，少尿无尿。此外，肝内胆管结石还可以造成肝脓肿，脓肿穿破膈肌和肺，形成胆管支气管瘘，咳出胆汁样痰，长期梗阻还可以导致肝硬化表现为黄疸，腹水，门静脉高压，上消道出血，肝性脑病，肝肾综合征，自发性腹膜炎等。另外反复刺激还容易诱发胆管癌出现进行性消瘦，乏力，贫血。