功能性下丘脑性闭经的治疗，应该是首选诱导排卵法，常可口服氯米芬50到100毫克，连服五天。或者用尿促性素（HMG）治疗，但仅用于下丘脑GNRH分泌异常，而垂体和卵巢有正常反应的闭经者，给药必须模拟生理性的释放形式，断续的，脉冲式的静脉或皮下注射制药，其次，可用中药治疗，中医养阴补肾与活血补肾法，治疗下丘脑性闭经有悠久的历史，且取得了显著的疗效。