由于导致引起褐色分泌物的原因不同，所以治疗方法会有很大差异，如果是由于排卵期出血导致的褐色分泌物，偶尔一次通常可以不用进行特殊的处理治疗，连续出现三个月就要考虑口服短效避孕药来进行治疗，如果是由于怀孕早期先兆流产出现的褐色分泌物，通常就可以考虑使用黄体酮和保胎灵来进行保胎治疗，如果是由于宫颈糜烂导致引起的褐色分泌物，可以考虑使用保妇康栓或者是消糜栓来进行对症的阴道上药治疗。