怀孕40天流产有导致继发性不孕的可能性。怀孕40天，有药物流产和人工手术流产两种方法，有各自不同的副作用。首先药物流产，药流不全大出血或者阴道流血时间长，是它主要的副作用。万一发生大出血，需要紧急止血治疗。人工手术流产有出血，子宫穿孔，感染，吸宫不全，宫腔粘连，月经不调，慢性盆腔炎，甚至有继发性不孕等风险的可能性。