非结核分枝杆菌性角膜炎的治疗为，局部治疗加全身治疗相结合，药物治疗加手术治疗相结合，急性期禁用激素（地塞米松），早期非结核分枝杆菌性角膜炎，首选阿米卡星滴眼液等，对于药物治疗无效，病情继续发展的患者用手术治疗，手术包括角膜病灶清除术，板层角膜移植术或穿透性角膜移植手术，术后局部使用阿米卡星或加替沙星滴眼液，可防止病情复发。