新生儿便秘原因主要考虑：1.便秘与食物的成分关系密切，如食物中蛋白质含量过多而糖类不足，粪便中不能溶解的钙皂，容易便秘。2.长期饮食不足，小儿食量太少时，经过消化后，肠道中的余渣少，大便减少，不足以刺激肠道蠕动，形成便秘。3.肠功能问题，由于生活和排便不规律，排便反射形成减弱或不形成；肠肌松弛而便秘。4.消化道发育畸形，先天性无肛，先天性巨结肠。5.遗传代谢性疾病：先天性甲状腺功能低下，先天愚型等。