骶管囊肿最常见的症状是腰骶部、会阴部的钝痛和酸胀不适感，发生率可高达90%以上。多发生于站起或坐下等体位变动时，也有部分患者在久坐或长时间平躺后加重。还可出现下肢疼痛和间歇性跛行，一般具有站立时疼痛加重、卧位时减轻、头低位时更轻的特点。此外，还可出现下肢运动障碍、肌肉萎缩、感觉障碍等表现。部分患者可出现便秘、尿频、尿急和排尿困难，男性患者可出现阳痿等性功能障碍。