骶管囊肿多数属于硬脊膜外囊肿，一般认为是一种先天性疾病，是先天发育过程中存在硬脊膜和或蛛网膜的先天性薄弱；也有部分是在腰骶部外伤、手术和肿瘤之后的粘连性蛛网膜炎因素形成硬脊膜和/或蛛网膜的后天性薄弱。这些薄弱环节在脑脊液静水压等因素作用下，于薄弱部位形成与蛛网膜下腔相通的囊腔，脑脊液随着动脉搏动进入囊内，最终由于流出不畅、液体静水压和脑脊液搏动性冲击而逐渐扩大，形成局限性囊肿。