单纯性肾囊肿不影响肾功能，癌变几率很小，故对无症状、无并发症的患者不需治疗，半年至一年随诊一次即可。而对引起疼痛不适，尿路梗阻，感染，出血，肿瘤，囊肿有可能破裂，或已破裂的患者要尽早治疗。对直径超过5厘米的较大囊肿，可考虑穿刺抽液，注入硬化剂，防止复发。对直径超过10厘米，体积超过500毫升的巨大囊肿，可疑癌变的囊肿或穿刺后复发的囊肿应考虑手术治疗。