口腔临床上最常用的抗生素分别是硝基咪唑类抗生素和头孢菌素类抗生素。硝基咪唑类抗生素只针对厌氧菌感染。包括甲硝唑、替硝唑和奥硝唑，分别是一代、二代和三代药物。三代和二代药物比前一代的药物不良反应要更小，疗效更好。此类药物对胃有刺激，最好饭后服用。头孢菌素类抗生素是目前广泛使用的一种抗生素。此类药物可以破坏细菌的细胞壁，并在繁殖期杀菌，对细菌的选择作用强，而对人几乎没有毒性，具有抗菌谱广、抗菌作用强等优点。该类药物包括头孢克洛，头孢地尼，头孢拉定，头孢呋辛酯等。在智齿冠周炎等牙周炎症时，通常可以头孢类药物和硝基咪唑类药物共同服用，消炎效果会更好。