肥厚型心肌病的治疗首先是要找到心肌肥厚的原因，比如高血压或心衰，积极针对原因处理防止肥厚型心肌病进展是十分必要的。对于没有流出道梗阻的肥厚型心肌病可以考虑应用ACEI或ARB类药物，改善心肌重构，改善心肌病预后。对于已经出现流出道梗阻的肥厚型心肌病，可以应用B受体阻滞剂及非二氢吡啶类的钙通道阻滞剂，通过减慢心率，减少心室和流出道的压力阶差，进而改善临床症状。对于严重流出道梗阻的肥厚型心肌病，可以通过起搏器心尖起搏更改心室收缩顺序，减轻流出道梗阻。必要时还可以通过室间隔消融，减轻流出道梗阻。