三个月的宝宝呼吸有痰，需要注意有没有下呼吸道的感染，如果合并了下呼吸道的感染，需要积极的抗感染治疗。另外还要注意，宝宝有没有呼吸道发育畸形的情况，这种宝宝表现为长时间的呼吸有痰，吃奶后呛咳等。还要注意，宝宝呼吸有痰与进食有没有关系，需要注意有没有胃食管反流的情况。所以三个月的宝宝呼吸有痰，还是建议到医院进行相关的检查。