女性的卵巢巧克力囊肿是由于子宫内的内膜组织异位到卵巢上周期性的生长萎缩而形成的，一般说来当卵巢巧克力囊肿小于三公分以下，在女性怀孕以后，由于没有雌孕期激素的周期性的撤退，这个时候巧克力囊肿就可能萎缩自愈。而对于没有怀孕的女性的巧克力囊肿大于五公分以上，一般说来是没有可能自愈的，通常需要通过腹腔镜手术来切除巧克力囊肿才行。