首先应当明确引起肝区疼痛的原因。对于胃窦十二指肠溃疡的患者，可以考虑口服质子泵抑制剂如奥美拉唑，如果合并有幽门螺旋杆菌感染时，还应当联合抗菌药物进行根治性的治疗，如阿莫西林，甲硝唑。如果是胆囊炎，可以考虑应用敏感的抗菌药物或者行腹腔镜胆囊切除术。如果是急慢性乙型病毒性肝炎，在给予保肝治疗的同时，还可以根据情况选用抗病毒的药物。而对于肝癌造成的肝区疼痛，如果没有禁忌首选手术治疗。