疱疹性咽峡炎一般柯萨奇病毒感染引起的，没有特效的抗病毒药物可以应用。临床上一般是对症治疗，比如疱疹性咽峡炎有发烧，流涎，口腔疼痛，咽喉疼痛或者是食欲下降，不爱吃饭，不爱喝水。可以口服蒲地蓝消炎口服液，小儿牛黄清心散或者是小儿豉翘清热颗粒。也可以喷用康复新液或者是西瓜霜喷剂。不爱吃饭可以多吃新鲜的瓜果蔬菜，口服补液盐预防脱水。