双胃的症状跟体征都不明显，大多在出生后1年出现症状，与囊肿的大小、位置、是否与胃相通、有无异位粘膜等有关。大概有1/3的病例主要症状是呕吐，也有上腹痛，便血，便秘，体重不增等症状。双胃也可发生高位肠梗阻，出现腹胀，上腹压痛，贫血脱水等症状。消化性溃疡更罕见，如果发生溃疡，可出现呕血，便血，上腹痛，也可能会有穿孔的现象。