一般来说，新生儿脑神经发育不健全，身体免疫力低下，更容易受到病原微生物的侵袭而导致脑炎，也更容易遗留下后遗症。大多数患儿的后遗症表现为智力障碍、人格改变、失语、听力障碍、脑积水和瘫痪等。家长会发现患儿智商低下，和同龄孩童相比，模仿和学习能力差，眼神呆滞，说话不利索，甚至哑巴、不会说话，还有的患儿会遗留行走困难或者肢体畸形等。单纯疱疹病毒性脑炎患儿，还可能出现癫痫、抽搐，死亡率也比较高。柯萨奇病毒性脑炎患儿，还可能会遗留精神异常、共济失调、行走不稳，严重者可导致死亡。其他的脑炎也会遗留有不同程度和表现的后遗症。