怀孕两个月，肚子隐隐作痛，要考虑以下两个方面：第一，如果确定是宫内怀孕，怀孕两个月之后肚子隐隐作痛，要考虑先兆流产的可能，如果患者同时合并有阴道不规则流血，要高度怀疑胚胎停止发育的可能，必须做彩超，观察胚胎发育情况，再根据具体情况选择流产或保胎治疗。第二，考虑泌尿系或胃肠道疾病。如果肚子痛同时伴有腹胀以及大便异常情况，要考虑肠炎的可能。如果肚子痛，伴有尿频、尿急、尿痛情况，那么要考虑尿道炎的可能。