没有行过胃部手术的患者出现胆汁反流，一方面是由于幽门括约肌功能障碍所造成的。幽门开放时间延长，松弛或者持续开放容易造成十二指肠内的胆汁反流进入胃部，主要是见于胃肠神经肽和激素水平异常。另一方面是由于幽门螺旋杆菌感染，胃酸分泌过多，损伤胃黏膜造成炎症，增加胃泌素释放，引起十二指肠逆蠕动增加，幽门关闭功能减弱，胃排空延迟造成的。而对于胃部手术的患者，特别是远端胃大部切除术后、胃肠吻合术后，由于失去幽门括约肌，容易造成胆汁反流入胃。