食管胃底静脉结扎手术在临床上称为贲门周围血管离断术，需要将胃冠状静脉，胃短静脉，胃后静脉，左膈下静脉结扎切断，因此手术有可能损伤胃壁和食管壁，引起胃瘘和食管瘘，可以造成腹腔严重感染。此外行贲门周围血管离断术，主要还是由于肝硬化所造成的门脉高压，患者多伴有不同程度肝功能损害。损害越重，术后出现肝功能衰竭，肝性昏迷的几率也越高，特别是对于肝功能C级的患者，死亡率可以达到50-70%以上，因此还需要谨慎选择手术指征。另外部分行预防性贲门周围血管离断术的患者，术后有可能反而引起消化道大出血，因此也应当严格掌握手术指证。