肛周脓肿的治疗原则是排出脓液、处理原发的内口，必须通过手术进行治疗，手术治疗的方式分为直接切开排脓，后期处理肛瘘，或者一次性的肛周脓肿根治术。手术治疗有及时缓解疼痛、减轻全身症状，避免脓肿蔓延，避免脓毒血症、败血症等严重感染性的疾病的优点。肛周脓肿不手术，若是等待破溃，这个过程中可能会出现比较严重的全身并发症，疼痛时间持续肠，脓肿蔓延引起更为复杂的、难治型的肛周脓肿。另外，脓肿即使自行破溃，后期会形成肛瘘，引起肛周脓肿反复发作，给后期治疗带来困难。所以，建议肛周脓肿后，及时进行手术治疗。