药物流产不干净，是必须要进行清宫手术的，如果不进行清宫手术，会产生以下不利影响，第一，药物流产不干净，如果不及时处理，容易引起阴道的不规则流血，容易引起贫血或者宫腔感染的情况，导致子宫内膜炎或者输卵管炎性疾病的发生，严重影响患者的身体健康和生育。第二，如果不干净，不及时进行的清宫，则残留的组织容易机化导致宫腔粘连。