绝大多数肛门直肠脓肿在完全健康的儿童中是具有自限性的。在年龄较大的儿童中，这种情况可能与炎症性肠病或免疫系统受损的其他疾病有关。对于1岁以下的儿童，如果出现大的红色凸出的肛周脓肿，并且有比较严重的全身症状，需要进行更积极的治疗。脓肿应该及时切开排出，并使用抗生素。然后进行观察，如果伤口愈合，随着年龄的发育，肛周组织得以很好的发育，并没有形成肛瘘，这个疾病的治疗就完成了。如果在后续的时间内，出现了肛瘘，可以再进行肛瘘的治疗。