肠镜的痛苦取决于病人的耐受程度以及医师的操作熟练程度。通常来说肠镜是有一些不舒服的，这种不舒服主要表现在两个方面，一、是做肠镜前的检查要喝泻药，这种泻药会引起多次排便，从而导致身体的不适。二、就是在做肠镜的过程中引起腹胀等不适。近年来有一些医院开展了无痛肠镜，病人在麻醉的状态下经肠镜检查，病人就没有任何的痛苦了，但是这种要求患者的身体一般条件比较好，因为这种检查是有一定风险的，比普通肠镜风险要高。