肛周脓肿的原因很多，中医认为:湿热下注，饮食不洁，嗜食辛辣肥甘等。西医认为肛周脓肿的病因是由肛腺感染引起，肛腺开口于肛窦，肛窦开口向上，腹泻、便秘是易引发肛窦炎、肛腺感染，从而形成肛周脓肿。肛周脓肿也可由肛周皮肤感染、直肠肛管损伤、肛门周围外伤、肛裂、直肠炎、内痔、药物注射、骶尾部骨髓炎等。Crohn病、溃疡性结肠炎及血液病患者易发，平时体质差者如糖尿病、营养不良、肥胖等容易发病，久坐者如司机、职员等易发，夏季、工作环境湿热也容易发病。